关于单细胞气泡图的做法，我们写过很多很多，但是这些图基本上都是利用Seurat提取了数据，然后在ggplot2中完成的。因为Seurat包中的DotPlot函数的底层就是gg...
发简信
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NCS质感图表：Seurat单细胞DotPlot函数基因表达气泡图修饰 -
懦夫把困难举在头顶，英雄把困难踩在脚下
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install Matrix.utils
总之显示一堆幺蛾子，然后这个代码跑通了 install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Ma...
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【生信实战】空间转录组反卷积——带你了解Spot里究竟都有点啥细胞随着空间转录组技术的普及，越来越多的课题开始使用这一技术。当前，以10X Visium为代表的空间转录组技术是目前最常见的技术。然而，10X Visium由于技术本身的局限性...
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[转载]/usr/bin/ld: 找不到 -lgfortran
最近安装R包遇到的问题，原文在此。本人只做笔记用。发现同样适用于Ubuntu16.04CentOS安装R包报错：/usr/bin/ld: cannot find -lgfor...
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这个世界流行离开，但我们却不擅长告别
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文献学习107-IL-1β+ macrophages fuel pathogenic inflammation in pancreatic cancer1. Identification of IL-1β+ TAMs in PDAC Fig 1a-c： 作者对新鲜分离的来自naive 或 chemotherapy treat...
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SpaceRanger下载安装使用原文： https://mp.weixin.qq.com/s/gBj60iMNP1r2pjG9W77s9w[https://mp.weixin.qq.com/s/gBj60i...
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R语言分析4：一致性聚类分析（ConsensusClusterPlus）一致性聚类是一种提供定量证据的方法，用以确定数据集中可能的聚类的成员及数量，例如微阵列基因表达。这种方法在癌症基因组学中得到了广泛应用，以发现了新的疾病分子亚类。一致性聚类方...
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小技巧2-melt()函数转换(R)我们常见的数据一般长这样： 作图时常用的形式是这样：（这个就是melt型数据） 图片来源：[pandas]处理pcr数据的时候，melt真是好东西呀 - 路人乙小明的文章 -...
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单细胞差异基因分析：pseudobulk（muscat包）
单细胞差异基因的分析很多人一直使用的是Seurat自带函数Findmarkers。但是也有人提出这个分析结果不准确，之前有篇Nature communications专门研究...
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单细胞简易分群-各种细胞marker基因
探序基因肿瘤研究院整理[https://cancer.tanxugene.cn] T细胞： CD3D，CD3E，CD4，CD8A，CD8B 还有注意γδT细胞 Treg： C...
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基于EM算法的聚类R包mclust简介 mclust是一种基于高斯混合分布，利用EM算法聚类的方法：mclust文献转送[https://journal.r-project.org/archive/2016/...
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R语言分组箱线图添加显著性标记简单小例子部分示例数据如下 第一列是数值 第二列是处理一-第三列是处理二 最终出图如下 这里自动做统计检验的函数是 stat_compare_means() 首先是做箱线图和小提琴图的...
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R 数据可视化 —— circlize 图形前言 这一节，我们将介绍 circlize 提供的图形对象函数，这些函数默认在当前的单元格中绘制。因此，如果在 panel.fun 函数外调用，需要传递扇形及轨迹的索引来指定...
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【R画图学习11.3】富集圈图---circlize这几年，我也陆陆续续在paper中看到一些环形的富集图，有时候也挺好的，今天我们也来学习一下画法，继续练习circlize的技巧。 这次，我找了一个经常做的GO富集的结果拿来...
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学做NAR图表：ggraph做网络图最近在NAR上看到一篇文章： 原文网络图如下： 我们借此机会，通过ggraph作图解析相关参数。详细注释代码和参数已上传QQ群文件！我做的图如下，有一点问题，但不影响我们对这...
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韦恩图脚本例子一 例子二 vennDiagram虽然是我画Vene图首选，但是画两个以上就不会按数据比例画圆圈,而是一样大的圆。但是vennerable可以，唯一不足的是颜色不能设置原...
