关于单细胞气泡图的做法，我们写过很多很多，但是这些图基本上都是利用Seurat提取了数据，然后在ggplot2中完成的。因为Seurat包中的DotPlot函数的底层就是gg...
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NCS质感图表：Seurat单细胞DotPlot函数基因表达气泡图修饰 -
install Matrix.utils
总之显示一堆幺蛾子，然后这个代码跑通了 install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Ma...
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【生信实战】空间转录组反卷积——带你了解Spot里究竟都有点啥细胞随着空间转录组技术的普及，越来越多的课题开始使用这一技术。当前，以10X Visium为代表的空间转录组技术是目前最常见的技术。然而，10X Visium由于技术本身的局限性...
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[转载]/usr/bin/ld: 找不到 -lgfortran
最近安装R包遇到的问题，原文在此。本人只做笔记用。发现同样适用于Ubuntu16.04CentOS安装R包报错：/usr/bin/ld: cannot find -lgfor...
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文献学习107-IL-1β+ macrophages fuel pathogenic inflammation in pancreatic cancer1. Identification of IL-1β+ TAMs in PDAC Fig 1a-c： 作者对新鲜分离的来自naive 或 chemotherapy treat...
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SpaceRanger下载安装使用原文： https://mp.weixin.qq.com/s/gBj60iMNP1r2pjG9W77s9w[https://mp.weixin.qq.com/s/gBj60i...
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R语言分析4：一致性聚类分析（ConsensusClusterPlus）一致性聚类是一种提供定量证据的方法，用以确定数据集中可能的聚类的成员及数量，例如微阵列基因表达。这种方法在癌症基因组学中得到了广泛应用，以发现了新的疾病分子亚类。一致性聚类方...
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小技巧2-melt()函数转换(R)我们常见的数据一般长这样： 作图时常用的形式是这样：（这个就是melt型数据） 图片来源：[pandas]处理pcr数据的时候，melt真是好东西呀 - 路人乙小明的文章 -...
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单细胞差异基因分析：pseudobulk（muscat包）
单细胞差异基因的分析很多人一直使用的是Seurat自带函数Findmarkers。但是也有人提出这个分析结果不准确，之前有篇Nature communications专门研究...
