突出显示一个细胞群的颜色
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R绘制棒棒图并且合并富集的结果 图像可视化 分析文件如下: 绘制代码如下:
sessionInfo() 重定向输出到文件 文件 session_info.txt 就会包含: R 版本 平台信息 已加载的包及其版本号
问题: 有时候拿到的样本的UMAP图形如下:灰色的细胞点多于紫色的细胞点,显示的结果都是都一个样本的细胞 针对以上问题DimPlot有个参数:shuffle可以解决这个问题 ...
单细胞细胞定义合集 对于单细胞数据细胞分群的定义,一直是困惑大家的工作。对一直从事单细胞数据分析的工作人员,细胞定义非常简单;但是新手小白来说还是无从下手。(难者不会,会者不...
test_meta.txt test_counts.txt 这两个文件可以指定全路径
CellPhoneDB背景介绍 CellPhoneDB是公开提供的精选受体,配体及其相互作用的存储库。配体和受体均包含亚基结构,可准确代表异聚复合物。这是至关重要的,因为细胞之间的通信依赖于多亚基...
pheatmap,最坑爹的热图包
在介绍clonotypr(https://github.com/mattfemia/clonotypr)包之前,我们需要先去解决几个问题: (1)为什么要进行单细胞免疫组库的...
Seurat包展示出来的umap/tsne图都是带有横纵坐标,基于Seurat包可能比较难调整图片的样式,只能借助AI或者PS处理图片。这次借助ggplot2进行可视化,对于...