单细胞转录组：smart-seq2 参考资料： Smart-seq2 scRNA小鼠发育学习笔记: https://www.jianshu.com/p/23a8fcb1292...
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smart-seq2 实践 -
技术 | 单细胞转录组测序之Smart-seq2Smart-seq2 Smart-seq是由路德维格癌症研究所的 Rickard Sandberg实验室[http://sandberg.cmb.ki.se/]所开发的一套在...
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NCS质感图表：Seurat单细胞DotPlot函数基因表达气泡图修饰关于单细胞气泡图的做法，我们写过很多很多，但是这些图基本上都是利用Seurat提取了数据，然后在ggplot2中完成的。因为Seurat包中的DotPlot函数的底层就是gg...
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基因组重复序列检测：RepeatMasker的安装及使用RepeatMasker是重复序列检测的常用工具，通过与参考数据库的相似性比对来准确识别或屏蔽基因组中的重复序列，属于同源预测注释的方式。下文除了RepeatMasker的使...
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各种HIC处理数据之间的相互转化
各种HIC处理数据之间的相互转化 目前HI-C数据研究比较火爆，出现了各种各样的工具来分析HI-C。这些工具各有优缺点，而且对应的有不同的下游处理工具。但这些工具的结果数据格...
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Hi-C分析练习（从fastq文件到contact矩阵）最近纽约复工，因为每天要做实验（还得全程戴口罩，非常闷得慌），比不了之前每天都在家可以为所欲为的自学生信，所以更新也少了很多~ Hi-C的技术相关背景学习笔记我在之前有写过（...
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最全Bedtools使用说明--只看本文就够了1 Bedtools:一个强大的基因组算法工具集 Bedtools是由犹他大学昆兰实验室开发的基因组算法工具集，它堪称是基因组分析工具中的瑞士军刀。Bedtools可以对基因...
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IGV 导入本地基因组及注释文件IGV软件有自带的基因组文件和注释文件，使用自带的还是方便一些。但是，其使用的注释文件和基因组文件可能与我们数据分析时的不一致，这时候我们可视化bigwig文件或者bam文件...
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综述 | formative多能性:发育连续体中的关键阶段 Formative pluripotency: the executive phase in a developmental cont...Formative pluripotency: the executive phase in a developmental continuum - PubMed (nih....
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R 数据可视化 —— ggsci 配色前言 在绘图时，如何搭配颜色，是一个很让人头疼的问题。今天要介绍的包 ggsci 能大大减轻我们的负担。 ggsci 提供了很多高质量的颜色搭配，其灵感来自于各种 SCI 杂...
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单细胞转录组基础分析二：数据质控与标准化
本文是参考学习单细胞转录组基础分析二：数据质控与标准化[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIyMzMwNDQ2MA==&mid=22474...
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从picard 谈linux上软件的安装
一、进入https://anaconda.org/ 查看，如果有，那就太方便啦！picard 就是有的！害，我白忙活了一下午 conda install -c biocond...
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homer安装和使用
介绍 安装 1.下载homer文件 网址：http://homer.ucsd.edu/homer/download.html 下载其中名为configureHomer.pl的...
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10X单细胞空间联合分析之再次解读cell2location到了年根了，其实想总结一些之前的东西，其中cell2location很想再次分享一下，好好研读一下。 Cell2location 是一种有principled Bayesia...
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软件3 —— Trim Galore和Trimmomatic
一、 基本介绍 Trim Galore是对FastQC和Cutadapt的包装。适用于所有高通量测序，包括RRBS (Reduced Representation Bisu...
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玩转单细胞(7)：修改Seurat对象基因名称玩转单细胞(2):Seurat批量做图修饰[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&mid=2247486164&i...
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Scanpy数据结构：AnnDataAnnData是python中存储单细胞数据的一种格式 1. AnnData数据结构： 主要包含四个slots：X contains the expression matri...
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snakemake学习笔记杂记：shell命令里有大括号，制表符和单引号双引号的写法
直接上一个例子 如果有大括号，就用两个， 制表符需要用两个斜杠\\t换行符\n也是这样 单引号和双引号 正常写就行
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2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控：fastp[https://git...